Geològicament, la cova de les Encantades correspon a un taffoni de grans dimensions, que té dues obertures i una alçada d'uns 2 metres. Els taffonis tenen el seu origen en la meteorització diferencial del granit, de tal manera que hi ha una dissolució del seu interior formant-se una cavitat relativament esfèrica. Als indrets on hi ha masses granítiques amb fort pendent, amb poca vegetació i amb una estació seca, són freqüents aquestes formacions. Dins d'aquesta cova també es poden diferenciar alvèols i nius d'abelles, els primers són taffonis de petit tamany i els segons són grups d'alvèols.